第一，只有國內旅客運輸服務才可以抵扣進項稅。國際運輸適用零稅率或免稅，上環節運輸企業提供的國際運輸未繳納增值稅，也就不存在下環節進項抵扣的問題。
第二，除增值稅專用發票和電子普通發票外，其他的旅客運輸扣稅憑證，都必須是注明旅客身份信息的票證才可以計算抵扣進項稅，納稅人手寫無效。
第三，航空運輸的電子客票行程單上的價款是分項列示的，包括票價、燃油附加費和民航發展基金。因民航發展基金屬于政府性基金，不計入航空企業的銷售收入。因此計算抵扣的基礎是票價加燃油附加費。
第四，除扣稅憑證和進項稅計算方法的特殊規定外，對于旅客運輸的進項稅抵扣原則，需要符合現行增值稅進項抵扣的基本規定。比如用于免稅、簡易計稅的不得抵扣；用于集體福利、個人消費、非正常損失等情形的不得抵扣等等。
第五，與本單位建立了合法用工關系的個人發生的旅客運輸費用，屬于可以抵扣的范圍。對于勞務派遣的用工形式，勞務派遣人員發生的旅客運輸費用，應由用工單位抵扣進項稅額，而不是勞務派遣單位抵扣。